山西医科大学晋祠学院始建于2002年，是经教育部、山西省人民政府批准，由山西医科大学主办，社会力量参与，以新机制、新模式成立的山西省唯一的一所以医学专业为主的全日制普通本科独立学院。学院老校区坐落在具有2500年悠久历史的文化名城太原--晋祠，绿荫环抱、清静幽雅，是读书治学的理想之地；新校区位于晋中市祁县经济开发区，毗邻晋商发源地--乔家大院，是一所以“英式建筑风格”为主题的大学校园。
学院是一所多专业、多学制的高等医学院校。现设有四系一部，分别为临床医学系、口腔医学系、护理学系、管理学系和基础医学部，开设临床医学、口腔医学、麻醉学、护理学、预防医学、医学影像技术、医学检验技术、康复治疗学八个本科专业。涵盖医学、理学两个学科门类。
学院以山西医科大学的教育教学资源为依托，教学实行统一管理，主要教学任务由山西医科大学教师担任。现有专、兼任教师439人，其中教授91人，副教授158人，讲师190人，副教授以上职称教师占到56%，高素质、专家型的教师队伍为保障教学质量奠定了坚实的基础。
学院根据国家中长期教育改革和发展规划纲要(2010-2020年)以及“十三五”规划，在进一步优化临床医学品牌专业的基础上，为临床医学专业的学生开拓意大利、美国等国外硕博连读升学渠道，同时把护理学专业建设为具有较强办学实力，特色鲜明的品牌专业，并为护理专业的学生开创日本护士全额奖学金项目的就业渠道。以临床医学、护理学和麻醉学专业为龙头，带动其他专业协调发展。
学院拥有门类齐全、设施配套的各类医学实验室，教学仪器设备总值6000余万元，图书馆藏书40万余册。
学院注重课堂教学与临床实践的紧密结合，大力培养学生扎实的实践动手能力，并组织学生从大学一年级开始，通过夏令营、冬令营以及医护志愿者队利用寒暑假到各大医院进行临床实践锻炼。先后在山西、北京、天津等地建立了42所教学实习医院，并将太原市中心医院、北京市房山区第一人民医院设立为学院的非隶属性附属医院，为学生临床实、见习教学以及毕业后的就业创造了优越的条件。
为提升大学生人文素质，学院开展希望讲堂，邀请医药类院校著名专家教授、全国两会代表、文人艺术家等名人定期来我院进行学术讲座；为学生举办社团文化月、校园艺术节、护士节、感恩节等活动；30余个社团为学生开展职业生涯规划大赛、创业大赛、篮球赛、足球赛、乒乓球赛、演讲赛、书法赛以及舞蹈赛等活动；为新生开展素质拓展训练。学院设立四、六级考试点、普通话考试点、计算机等级考试点和康复治疗师、健康管理师、汽车驾驶员考试点等为学生提供更多技能培训机会，同时学院为有创业意愿的学生开设创业培训课程，增强学生的创业意识和实现学生的创业梦想。
   办学以来，为了让贫困学生顺利完成学业学院建立了“奖、助、贷、补、减、勤”的助学保障体系，同时还设立了五月阳光奖、助学金，以激励学生奋发进取。我院毕业生考研率逐年上升分别考取北京协和医院、首都医科大学、第二军医大学、浙江大学医学部、大连医科大学等全国一流的医学高校和科研单位，毕业生就业率保持在90%以上，特别是护理学专业的毕业生就业率保持在95%以上。学院从2015年3月成立关心毕业生工作委员会，对毕业生补习考研、成家立业定期跟踪服务，为毕业生创造各种条件实现梦想，受到社会、特别是基层医疗单位的好评。
随着中国医药卫生事业的发展和人口老龄化的严峻形势，医学人才十分短缺。为此，我院扩大招生规模，2015年开始规划建设新校区，占地面积近800亩建设项目列入了2016年山西省重点工程项目。2017年8月前，新校区一期建设工程按5000人规模完成，新生入住，2018年完成二期工程建设。
学院将秉持教学“以学生为中心、以就业为导向”、管理“以教师为中心、以服务为宗旨”的办学理念，全面加强内涵建设，进一步解放思想、深化改革、加强管理、狠抓落实，努力把我院建设成结构合理、质量上乘、特色鲜明的“复合型、应用型、技术型”大学。