市卫生健康委员会是主管新区（市）卫生健康工作的市政府工作部门。主要职责是：
　　（一）组织拟订全市国民健康政策，参与起草有关地方性法规、规章草案，拟订或制定卫生健康事业发展政策、规划。统筹规划卫生健康资源配置，指导县（区）卫生健康规划的编制和实施。制定并组织实施卫生健康基本公共服务均等化、普惠化、便捷化和公共资源向基层延伸等政策措施。
　　（二）协调推进深化医药卫生体制改革，研究提出深化医药卫生体制改革政策、措施的建议。组织深化公立医院综合改革，推进管办分离，健全现代医院管理制度，加强公立医院党的建设，制定并组织实施推动卫生健康公共服务提供主体多元化、提供方式多样化的政策措施，提出医疗服务和药品价格政策的建议。会同有关部门制定并实施健康服务业发展的政策措施。
　　（三）制定并组织落实全市疾病预防控制规划、免疫规划以及严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施。负责卫生应急工作，组织指导突发公共卫生事件的预防控制和各类突发公共事件的医疗卫生救援。
　　（四）组织拟订并协调落实应对人口老龄化政策措施，负责推进老年健康服务体系建设和医养结合工作。
　　（五）落实基本药物制度相关政策，开展药品使用监测和临床综合评价。开展食品安全风险监测，参与食品安全标准制定和跟踪评价，组织指导食品安全企业标准备案工作。负责食品安全事件的现场卫生学处理。
　　（六）负责职责范围内的职业卫生、放射卫生、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治等公共卫生的监督管理以及爱国卫生工作，健全卫生健康综合监督体系。组织查处医疗服务市场重大违法案件。落实《烟草控制框架公约》相关工作。
　　（七）组织实施医疗机构、医疗服务行业管理办法，建立医疗服务评价和监督管理体系。负责卫生健康行业安全生产监督管理工作。会同有关部门组织实施卫生健康专业技术人员资格标准。组织实施医疗服务规范、标准和卫生健康专业技术人员执业规则、服务规范。指导推动医疗机构、公共卫生机构质量管理和品牌培育。
　　（八）负责计划生育管理和服务工作，开展人口监测预警，研究提出人口与家庭发展相关政策建议，完善计划生育政策。
　　（九）指导基层卫生健康工作，指导基层医疗卫生、妇幼健康服务体系和全科医生队伍建设。负责新城、普陀山区域内的卫生健康工作。推进卫生健康科技创新发展。
　　（十）组织制定中医药发展规划，并纳入卫生健康事业发展总体规划，负责中医药的继承、创新和中西医结合工作，统筹协调中西医发展。
　　（十一）负责来舟山的中央和省领导、其他重要来宾以及市保健对象的医疗保健工作，负责在舟山举行的国际及市级以上重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作。
　　（十二）完成市委、市政府和新区党工委、管委会交办的其他任务。
　　（十三）职能转变。牢固树立大卫生、大健康理念，推动实施健康舟山战略，深化医疗卫生领域“最多跑一次”改革，全面建立健康影响评价评估制度，以改革创新为动力，以促健康、转模式、强基层、重保障为着力点，以治病为中心转变到以人民健康为中心，为人民群众提供全方位全周期健康服务。一是更加注重预防为主和健康促进，加强预防控制重大疾病工作，积极应对人口老龄化，健全健康服务体系。二是更加注重工作重心下移和资源下沉，推进卫生健康公共资源向基层延伸、向渔农村覆盖、向偏远海岛和生活困难群众倾斜。三是更加注重提高服务质量和水平，推进卫生健康基本公共卫生服务均等化、普惠化、便捷化。四是协调推进深化医药卫生体制改革，加大公立医院改革力度，推进管办分离，推动卫生健康公共服务主体多元化、提供方式多样化，推动卫生健康事业和产业的协调发展。
　　（十四）有关职责分工。
　　1.与市发展和改革委员会的有关职责分工。市卫生健康委员会负责开展人口监测预警工作，负责落实生育政策，研究提出与生育相关的人口数量、素质、结构、分布方面的政策建议，促进生育政策与相关经济社会发展政策的配套衔接，参与制定人口发展规划和政策，落实人口发展规划中的有关任务。市发展和改革委员会负责组织监测和评估人口变动情况及趋势影响，实施人口预测预报制度，开展重大决策人口影响评估，完善重大人口政策决策咨询机制，研究提出全市人口发展战略，拟订人口发展规划和人口政策，研究提出人口与经济、社会、资源、环境协调可持续发展，以及统筹促进人口长期均衡发展的政策建议。市发展和改革委员会负责拟订全市健康服务业发展规划、政策并组织实施，牵头组织协调全市健康服务业发展的重大问题。市卫生健康委员会会同有关部门制定并实施健康服务业发展政策措施。
　　2.与市民政局的有关职责分工。市卫生健康委员会负责拟订应对人口老龄化、医养结合政策措施，综合协调、督促指导、组织推进老龄事业发展，承担老年疾病防治、老年人医疗照护、老年人心理健康与关怀服务等老年健康工作。市民政局负责统筹推进、督促指导、监督管理养老服务工作，拟订养老服务体系建设规划、政策、标准并组织实施，承担老年人福利和特殊困难老年人救助工作。
　　3.与舟山海关的有关职责分工。市卫生健康委员会负责全市传染病总体防治和突发公共卫生事件应急工作。市卫生健康委员会与舟山海关建立健全应对口岸传染病疫情和公共卫生事件合作机制、传染病疫情和公共卫生事件通报交流机制、口岸输入性疫情通报和协作处理机制。
　　4.与市市场监督管理局的有关职责分工。市卫生健康委员会负责食品安全风险监测工作，会同市市场监督管理局等部门制定、调整、实施食品安全风险监测方案。市卫生健康委员会对通过食品安全风险监测或者接到举报发现食品可能存在重大安全隐患的，应当立即向市市场监督管理局等部门通报，市市场监督管理局等部门应当组织开展进一步调查处置。市卫生健康委员会责餐具、饮具集中消毒服务单位的卫生监督。市市场监督管理局通过检测发现餐具、饮具集中消毒服务单位提供不合格产品，及时通报市卫生健康委员会，由市卫生健康委员会依法处理。两部门建立药品、医疗器械临床试验质量管理信息通报机制。市市场监督管理局会同市卫生健康委员会健全不良反应、医疗器械不良事件的监测体系，完善相互通报机制和联合处置机制。市卫生健康委员会会同市市场监督管理局等部门，加强对药品、医疗 器械临床试验伦理审查工作的监督管理。
　　5.与市医疗保障局的有关职责分工。市卫生健康委员会、市医疗保障局等部门在医疗、医保、医药等方面加强制度、政策衔接，建立沟通协商机制，协同推进“三医联动”改革和县域医疗卫生服务共同体建设，加快推进医保与医疗、医药数据互联互通，提高医疗资源使用效率和医疗保障水平。