阿旗蒙医医院始建于1981年，是一所集医疗、科研、预防、保健、康复为一体的综合性国家二级甲等民族医医院，医院现有职工147人，编制床位120张。医院现占地面积21.3亩，建筑面积6500平方米。2016年经旗人民政府批准，蒙医医院进行易址新建。新建项目位于阿鲁科尔沁旗天山镇新城区天元大街北侧，计划总投资5400万元。项目占地面积10908平方米，总建筑面积15606平方米，设置床位150张，计划于2019年投入使用。阿旗蒙医医院为内蒙古民族大学教学医院、民大附属医院技术协作医院、内蒙古医学院蒙医药学院协作医院和临床实习基地医院。
　　医院内设蒙医五疗科、蒙医内科、蒙医骨伤科、中医肛肠科、外科、妇产科、儿科、急诊科、皮肤病专科、口腔科、眼耳鼻喉科、健康体检科、治未病科、输血科、感染管理科等科室。医院辅助科室有蒙药制剂室、检验科、手术室、心电室、超声诊断科、胃镜室、放射线科、消毒供应室等辅助科室。
　　医疗设备有东软N900四维彩色多普勒超声诊断仪，数字化X线机（DR），狼牌腹腔镜，800MA日本岛津X光机，美国螺旋CT机、日本进口日立（EUB）—525彩色多普勒超声诊断仪，五疗科各种专用设备，日本富士能电子胃镜，心电图机，全自动生化仪，全自动尿沉渣分析仪，化学发光仪，血凝仪，P05电解质测定仪、微量元素检测仪、PC9000S多参数病人监护仪、除颤仪、呼吸机、麻醉机等。
　　发挥蒙医药优势，利用蒙药治疗胃病、心脑血管病、肝胆病、风湿病、血液病、皮肤病等疑难杂症取得了较好的临床疗效。阿旗蒙医院注重蒙医药专科特色发展，医院营业收入中，蒙医药收入占70%以上。专业技术人员中，蒙医药技术人员占80%以上，非药物治疗项目达79项。同时开展传统的蒙医疗术---蒙医五疗、“其格”疗法和蒙药浴《塔本阿日山》治疗项目并设置蒙医五疗住院病房，深受广大患者欢迎。医院现注册蒙药品种为53种，年生产蒙药制剂5000公斤。医院生产的“阿蒙”牌系列蒙药属纯天然无污染、绿色植物蒙药制剂，消费市场遍及全旗及周边旗县地区，深受广大患者信赖。我院外科能够微创胆囊切除术，腹腔镜下胆囊切除术、前列腺电切术等填补了我院多项技术空白,蒙医骨伤科能够开展椎间盘摘除术、神经血管吻合术、断肢再植术、股骨头置换术、膝关节置换术及全髋人工关节置换术等。